Poraz kod Siska došao je na stotu obljetnicu pobjede na Krbavskom polju. Zato je teško pao i Carigradu a naročito u Bosni, gdje se to nije moglo lahko preboljeti. Tako je došlo do novog rata protiv Habzburgovaca u kom su aktivno učestvovali Bošnjaci, od zapadnih granica Bosne do krajnjeg sjevera Ugarske.
Kao povod za objavu rata uzeta je činjenica da bečki dvor nije ništa poduzeo protiv piratskih akcija senjskih uskoka. Oni su pod komandom njemačkog kapetana stalno presretali i pljačkali mletače brodove koji su prevozili osmansku robu.
Rat je trajao 13 godina, a za to vrijeme na osmanskom prijestolju su se smijenila trojica sultana: Murat III, Mehmed III i Ahmed I. Rat je vođen sa promjenljivom ratnom srećom. Neki gradovi su više puta prelazili iz jednih u druge ruke. Osmanski strateški interes u ovom ratu bilo je osvajanje Egera na sjeveroistoku Ugarske i Kanjiže na jugozapadu. Poslije desetodnevne opsade 13. oktobra 1596. godine Eger je prisiljen na predju. Osmansku vojsku u ovoj bici je predvodio veliki vezir Ibrahim- paša, rodom iz Novog Šehera kod Maglaja. Opsada Kanjiže bila je teža i mučnija, zbog močvarnog položaja grada. U ljeto 1600. godine, nakon opsade od 44 dana, osvojena je i Kanjiža. Tokom ovog rata Bošnjaci su se pokazali kao najpostojaniji borci. Oni su velikoj mjeri zaslužni za ova dva najveća uspjeha u ovom ratu.
Posljednja faza rata obilježena je složenim pregovorima za zaključivanje mira. Poslije duže diplomatske aktivnosti, između austrijskog cara i sultana zaključen je mir 11. novembra 1606. u Žitavi. Ugarska je najvećim dijelom ostala u sastavu Osmanskog carstva, dok je Erdelj ostao u poluzavisnosti od sultana. Sultan i car su u ravnopravnom položaju. To je bilo prvi put da je Osmansko carstvo priznalo nekom stranom vladaru da je ravan sultanu.
Osmansko carstvo je do novih teritorija u Ugarskoj i Lici došlo dobrim dijelom zahvaljujući vojnicima Bošnjacima, zato je osmanska državna politika svjesno išla na koloniziranje Bošnjaka na ovim prostorima. U Bosni je vršen pritisak na posjednike timara da se nastanjuju u novoosvojenim krajevima. Zato je razumljivo da su Bošnjaci dali veliki broj visokih vojno-upravnih i sudskih činovnika u ugarskim i slavonsko-hrvatskim zemljama. Računa se da je tokom 150 godina osmanske vladavine samo na položaju budimskog beglerbega bilo više od dvadeset Bošnjaka.
Proces naseljavanja Ugarske i Hrvatske zahvatio je i najšire bošnjačke slojeve. Bošnjačka naselja su bila posebno brojna i jaka uz granice oko Kanjiže, Szigeta, Pečuha, Ostrogona, Stolnog Biograda, ali se susreću i u Potisju i Banatu. Evlija Čelebi je zabilježio 1660/61. da se u svim gradovima osmanske Ugarske govori bosanski, odnosno da su Budim, Pečuh, Stolni Biograd, Sziget, Kanjiža, Šikloš i drugi gradovi „obične bošnjačke varoši“ Bošnjačkom kolonizacijom i prihvatanjem islama od strane starosjedilaca formirala se za vrijeme osmanske vladavine, na prostoru između Drave, Dunava, Save i Ilove, nova demografska grupa koju su činili Bošnjaci. Pri kraju osmanske vladavine na tom prostoru je živjelo 115 000 muslimana, pretežno Bošnjaka, 72 000 katolika, najvećim dijelom Hrvata, 33 000 Srba i 2 000 Mađara. Bošnjaci i drugi muslimani činili su nešto više od polovine stanovništva na tom prostoru.